طلاب سه دوره مقدمات، سطح و خارج را در طی تحصیل خود می‌گذرانند. این مسیر یک مسیر فقه محور است که دروس اصلی آن فقه و اصول فقه است و دیگر رشته‌ها مانند فلسفه و کلام و تفسیر در حاشیه قرار دارد. بسیاری از طلاب به صورت تخصصی به دیگر رشته‌ها گرایش می‌یابند. مانند دیگر نهادهای آموزشی مانند دانشگاه‌ها پس از طی هر مرحله به طلاب مدرک پایان دوره تعلق می‌گیرد. پس از دوره مقدمات مدرک سطح یک و پس از پایان جلد نخست کفایه که به صورت مدون پس از سال نهم تحصیل طلبه است، مدرک سطح دو تعلق می‌گیرد. با ورود به درس خارج فقه و اصول طلبه با ارائه پایان‌نامه مدرک سطح سه و پس از طی درس خارج با ارائه پایان‌نامه مدرک سطح چهار دریافت می‌کند.


نکته دیگر این است که این الفاظ در طول تاریخ دست‌خوش تغییر شده اند. مثلاً ثقة الاسلام که اینک برای طلاب مقدمات‌خوان و مبتدی به کار می‌رود در گذشته برای علمای بزرگ به کار می‌رفت مانند ثقةالاسلام کلینی. یا لفظ حجة الاسلام و المسلمین برای مراجع به کار برده می‌شد چنان‌چه بر روی رساله‌ها ی مرحوم آیت الله بروجردی می‌بیننیم، اما امروز این الفاظ معنای دیگری یافته‌اند. حتی برخی استعمال‌ها نوظهور و مربوط به سده‌ی اخیر است، لقب آیت الله العظمی پس از مرحوم بروجردی رایج شد.

کاربرد این القاب قاعده و قانون خاصی ندارد و توده‌ی مردم بیشتر از مرحله‌ی تحصیل در آن نقش دارند. به این معنا که در قوانین حوزوی قانونی نیست که گفته شود این مرحله‌ی تحصیلی مساوی این لقب است. اما عرف تحصیلات را نیز در نظر می‌گیرد.

مهم‌ترین این القاب عبارتند از: ثقة الاسلام، حجة الاسلام، حجةالاسلام والمسلمین، آیت الله، آیت الله العظمی.

ثقة الاسلام
ثقة الاسلام به طلاب مبتدی و مقدمات‌خوان اطلاق می‌شود. دوره ی مقدمات از آغاز طلبگی تا پایان کتاب شرح لمعه است که معمولا در شش سال به پایان می‌رسد. در این دوره طلاب با ادبیات عرب به طور مفصل و فقه و اصول به صورت نیمه استدلالی آشنا می‌شوند. واژه ی ثقة الاسلام کاربرد اندکی دارد و غالباً استعمال نمی شود.

حجةالاسلام
حجةالاسلام به طلاب دوره‌ سطح گفته می‌شود. در این دوره طلاب سه کتاب فرائدالاصول معروف به رسائل و کفایة الاصول را که در علم اصول نگاشته شده است به همراه کتاب مکاسب تلمذ می‌کنند. این کتب شامل فقه و اصول استدلالی است که به صورت متن محور تدریس می‌شود. این معمولاً چهارسال به طول می‌انجامد.

حجةالاسلام والمسلمین
با ورود به مرحله بعد و اشتغال به درس خارج، لقب طلاب کمی سنگین‌تر می‌شود و به آنان حجة الاسلام و المسلمین گفته می‌شود. دوره‌ی خارج ادامه دوره‌ی سطح است و در آن فقه و اصول به صورت مفصل و استدلالی بحث می‌شود با این تفاوت که متن محور نیست و استاد کتاب خاصی را محور درس قرار نمی‌دهد و بحث آزاد است. البته سیر درس و فهرست آن معمولاَ منطبق با یکی از کتب معروف است. برای نمونه بحث اصول غالباَ مطابق با سیر کتاب کفایه است، که در سالیان اخیر عده‌ای از بزرگان در صدد تکمیل این سیر بودند مانند آیت الله شیخ محمدحسین اصفهانی که الاصول علی نهجه الحدیث را با ترتیب و تبویب نو نگاشت و پس از وی به شهید آیت الله سید محمدباقر صدر نیز می‌توان اشاره کرد. سیر خارج فقه نیز غالباَ بر اساس کتاب عروة الوثقی یا شرایع است. مرحوم آیت الله فاضل لنکرانی تحریرالوسیلهِ امام خمینی را محور سیر درس خارج فقه قرار داده بود.

آیت الله
آیت الله به کسی اطلاق می‌شود که دوره‌ی خارج را با موفقیت گذرانده باشد و به درجه اجتهاد رسیده باشد. اجتهاد به این معناست که این فرد این توانایی را دارد که خود با استفاده از ادله و مبانی فقهی و اصولی احکام را استخراج کند. مجتهد خود بر دو گونه است، کسی که در برخی از ابواب فقه مجتهد است که وی را مجتهد متجزی می‌نامند و کسی که در تمام ابواب فقه مجتهد است.

آیت الله العظمی
به مراجع تقلید آیت الله العظمی گفته می‌شود. مرجع تقلید مجتهد اعلم جامع الشرایط است. هر مجتهدی به مقام مرجعیت نمی‌رسد. برخی از این عنوان و مقام فرار می‌کنند مانند مرحوم سید محمد فشارکی و برخی به احترام استاد خود ردای مرجعیت بر تن نمی‌کنند مانند شیخ محمدعلی کاظمی نویسنده فوائد الاصول که تقریر نویس درس میرزای نائینی است و برخی خود قائل به مرجعیت دیگری هستند.

واژه‌هایی دیگر نیز برای تجلیل از مقام علمی روحانیون استفاده می‌شود مانند علامه. که بیشتر ناظر به جامعیت و ذوالفنون بودن است مانند علامه شعرانی و علامه طباطبائی.